1. 根据科技部《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的有关规定，实验室设实验室主任1名，副主任3名。实验室主任是本领域高水平的学术、学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力。实验室主任由中国农业大学推荐，教育部聘任，报科技部备案。实验室副主任由主任提名，中国农业大学聘任。

2. 实验室实行主任全面负责制。实验室主任对实验室科学研究、学术交流、专职人员聘任、研究生教育、财务管理、国有资产、行政后勤和安全卫生等实行统一管理。实验室内一切重大事宜均须经实验室主任或主管副主任同意方可实施。

3. 实验室成立室务委员会，室务委员会由实验室主任、副主任、在室学术委员和团队负责人组成。实验室建立室务委员会例会制度，实行民主决策制度，对实验室各项重大事务进行民主决策。

4. 实验室根据研究方向和工作职能，设置三个研究团队和一个研究技术中心，三个团队包括：植物抗逆研究团队、植物资源高效利用研究团队、作物抗逆高效种质创新研究团队，开放共享的研究技术中心为实验室科研工作提供技术支撑和保障。每个团队设1名负责人，由实验室主任指定，其职责是协助实验室主任管理各团队。

5. 实验室每个团队设若干个课题组，每个课题组设1名课题组长，其职责是协助研究室负责人管理各课题组。

6. 根据科技部《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的有关规定，实验室主任基金在开放运行费中列支，由实验室主任管理，主要用于支持具有创新思想的研究课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。

7. 实验室办公室协助主任、副主任处理日常事务。

8. 根据科技部《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的规定，本实验室设立学术委员会。实验室学术委员会负责审议实验室的目标、任务和研究方向；评价研究成果、审核实验室年度工作总结并定期对实验工作进行评估；监督实验室运行管理工作和经费使用情况；审查和建议与实验室有关的主要学术活动和国际学术交流计划以及其他重大学术事宜。